אגודת הסטודנטים פועלת במבנה ארגוני סדור המבטיח שקיפות, מקצועיות וייצוגיות בכלל זרועותיה. בראש המבנה עומדת מועצת הסטודנטים המייצגת את כלל הסטודנטים, כשלצידה ועד מנהל המתווה מדיניות וועדת ביקורת המפקחת על תקינות הפעילות. תחתיהם פועלת הנהגת האגודה בראשות יו"ר האגודה והמועצה, האחראי על פיתוח האגודה וניהולה, ונתמך על ידי המנכ"ל וסגן היו"ר לניהול ההיבטים הכלכליים והארגוניים. הזרוע הביצועית מורכבת מראשי המחלקות, חטיבת האקדמיה ומערך הדוברות, הפועלים בסנכרון מלא כדי להעניק מענה מקצועי לסטודנטים בכל היבטי החיים בקמפוס – מהמישור האקדמי והתפעולי ועד למערך ההסברה והמדיה.